Esse erro ocorre porque a SEFAZ instaurou uma nova validação, entre o CNPJ do prestador de serviço e o emissor da nota.
COMO RESOLVER?
1º) Se o CNPJ ou CPF no cadastro da transportadora for diferente do Emitente, só pode selecionar o tipo de frete CIF ou FOB;
2º) Se o CNPJ da Transportador for igual ao cadastro do emitente, então só pode ser o tipo de transporte 3 (Por conta do Emitente).